乳腺癌全轉錄組關聯分析發現新的風險基因

美國范德堡大學和澳大利亞昆士蘭醫學研究所領導的研究團隊利用全轉錄組關聯分析方法，找到與乳腺癌存在明顯關聯的48個基因。這項成果于6月18日發表在《Nature Genetics》上。

生物通報道  美國范德堡大學和澳大利亞昆士蘭醫學研究所（QIMR Berghofer）領導的研究團隊利用全轉錄組關聯分析方法，找到與乳腺癌存在明顯關聯的48個基因。這項成果于6月18日發表在《Nature Genetics》上。

研究人員利用近12.3萬名乳腺癌患者和近10.6萬名對照的遺傳預測基因表達譜，來搜索與乳腺癌相關的位點和基因。乳腺癌這種疾病雖經過十幾年的全基因組關聯研究，但仍有大量的遺傳可能性無法解釋。

根據基因型組織表達（GTEx）項目和癌癥基因組圖譜（TCGA）的現有基因表達數據，研究小組查看了病例和對照中數千個基因的表達譜，揭示34個之前發現的乳腺癌風險基因和14個新的候選基因。

“我們的研究發現多個有待進一步功能鑒定的候選基因，”通訊作者之一、QIMR Berghofer 的癌癥研究人員Georgia Chenevix-Trench說。

去年曾經有一項乳腺癌的全轉錄組關聯分析（TWAS）結果在《PLOS Genetics》雜志上發表。它通過數萬名病例和對照的關聯分析，發現了5個與乳腺癌存在關聯的基因。這一次，研究人員開展了更大規模的TWAS研究，包含122,977名歐洲裔乳腺癌病例和105,974名對照。

研究小組利用67名GTEx參與者的轉錄組和基因型圖譜以及TCGA評估的腫瘤和正常樣本的表達信息，根據基因型來預測個體的基因表達。他們搜索了8,597個與乳腺癌存在潛在關聯的基因，發現48個基因的預測表達譜與乳腺癌風險相一致，其中14個基因是之前未曾關注的。

接著，他們又開展了數量性狀位點分析、GWAS目標預測分析、基因通路研究和體外功能分析，以便更好地了解在乳腺癌發展過程中可能“誤入歧途”的一些生物學過程。通路分析突出了凋亡和免疫系統相關通路的重要性，例如，對乳腺細胞中候選基因的系統性敲低導致細胞增殖和克隆形成下降，而對照基因的敲低未檢測到這一結果。

“我們開展的沉默實驗表明，許多鑒定出的基因可能是乳腺癌的風險因素，它們影響細胞增殖和克隆形成能力，這是癌癥的兩大標志，”研究人員總結道，并指出“這些基因的進一步鑒定將為乳腺癌的生物學和遺傳學提供更多見解。”